菌包灭菌用方形灭菌柜由于其利用容积比圆形高压灭菌锅大，所以市场上也有一部分种植菌包的用户选择方形灭菌柜设备，但是因为筒体不平滑，如果承受压力的话就会造成方形设备变形，从来发生安全事故，所以放心的灭菌柜只能在100度以下常压食用菌

菌包灭菌用方形灭菌柜三种灭菌方式各有其优缺点和原理，并将其做简单的对比描述：
    1、 常压灭菌：
    a、适用范围：由于常压灭菌投资少，适合小规模生产者采用，不过在大规模生产中也有人采用常压灭菌，但不多。
    b、原理：通过锅炉产生强穿透力的热活蒸汽的持续释放，使内部培养基保持持续高温（100℃）来达到灭菌目的。
    常压蒸气灭菌的理论时间为4小时，实际从点火到100℃需要4-6小时，保持10小时以上，闷锅4小时，灭菌时间一般长达24小时。
    c、优缺点：能源浪费大且不环保，灭菌时间长，灭菌效果稳定性差，劳动强度大，费时费力，灭菌前后营养成分变化不大。
    2、 高压灭菌：
    a、适用范围：高压灭菌是目前大规模生产的企业常采用的方法。由于一次性投资比较大，维修费用比较高，不适于小规模生产企业使用。
    b、原理：高压灭菌锅炉产生的饱和蒸汽压力大、温度高，能够在较短时间内杀灭杂菌，是因为高温（121℃）、高压使微生物因蛋白质变性失活而达到*灭菌的目的。