1、微波杀菌设备时间短、速度快
常规热力杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从食品表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长时间。微波杀菌是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌目的，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟。
2、保持营养成分和传统风味
微波杀菌与常规热力杀菌比较，能在较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。一般杀菌温度在75-80℃，就能达到效果，此外，微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨化效果。
3、节约能源
常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用，因而没有额外的热能耗损。相比而言，一般可节电30%-50%。
4、均匀
由于微波杀菌设备具有一定的穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部同时受到作用，所以消毒杀菌均匀。