在生物特征识别系统中，我们如何去衡量好与不好，的方法就是，如何能让用户看一次，然后自己就会操作。一个好的生物特征识别系统应该是用户容易接受的。例如威尔迪的指纹门禁系统，指纹门禁考勤机，尽管有的全是英文的，但是顾客只要看一次就会操作了。
 

　　用户接受性主要由生物特征识别系统的强迫性和干扰性所确定，对用户来说是主观的。许多用户不会接受一个令人讨厌的系统，认为这样的系统是难于应用的。然而，在安全要求高的应用情况中，一个难于应用的生物特征识别系统(甚至令人讨厌)也有可能会受到用户的欢迎，只要这个生物特征识别系统提供了足够高的安全性。生物特征识别系统的强迫性与系统的易用性相关，因为任何让人不舒服的系统都会被大多数用户放弃。
 

　　干扰性是与隐私相关的。尽管具有一些显著的特点，但是人们的习惯思维中对生物特征识别存在一些负面的印象，从而经常导致如下一些问题：生物特征能够用来追踪人，是不是它秘密地侵犯了他们的隐私权利？许多生物特征识别技术是沿着一条路进行的，这可以从下面的例子中看出：
 

　　假设用人的虹膜持征来进行识别，当虹膜图像被采集到后，从图像中提取出特征并得到特征向量，特征向量用来和预先存储在数据库中的特征向量进行比较。从一个原始图像得到特征向量是可能的。但是从随机的观点来看，根据特征向量重新生成一个虹膜图像是不可能的。因此，不是虹膜图像用来识别，而是从它提取出数字特征码。另外，加密技术必须用在生物特征数据的传输中，避免获取生物特征码。这样的隐私保护远远比传统的识别技术(卡、令牌、密码等)要高级和严格。