紫外线消毒器根据流动边界的不同，可分为敞开式和封闭式紫外线消毒器。

敞开式系统

在敞开式紫外线消毒器中，消毒后的水在重力作用下流过紫外线消毒器，使水中的微生物失活。开放系统可分为两种类型：海底系统和水面系统。

浸没法的典型结构，也称为水照明。将带有同心石英套管的紫外灯置于水中，水在石英套管周围流动。当需要更换灯管（组）时，用起吊设备将其吊至工作面进行作业。该方法具有结构复杂、紫外线辐射能量利用率高、杀菌效果好、易于维护等优点。

系统运行的关键是保持水位恒定。如果水位过高，灯头顶部的水部分得不到足够的辐射，可能导致出水口微生物指数偏高。如果水位过低，上灯会暴露在大气中，导致灯过热并在石英套管上形成一层污垢以抑制紫外线辐射。图1中采用自动水位控制器（滑动门）来控制水位。在自动化要求不高的系统中，固定溢流堰也可用于控制水位。

水面型又称水面照明法。紫外线灯置于水面，平行电子管产生的平行紫外线对水体进行消毒。这种方法比浸泡法简单，但浪费能源多，杀菌效果差，所以在实际生产中很少使用。

封闭式系统

封闭式紫外线消毒器是承压式，采用金属圆筒和带石英套管的紫外线灯管密封消毒后的水。封闭式又分为开放式和沉浸式。开放式消毒器适用于中大型水处理，多用于污水处理厂。密闭式灭菌器一般适用于处理中量或少量的水或因施加压力而不能在明渠中使用的灭菌器。

在各种系统中，密封石英外壳的紫外灯可以垂直或平行于水流方向布置。并联系统水力损失小，流型均匀，而垂直系统可使水流湍流，提高消毒效率。