焦深是指能清晰成象的样本层深度，即是指在用显微镜观察好拍摄样本表面时，从对准焦点的位置开始，改变物镜与样本表面的距离时，对焦能够保持清晰的范围。肉眼的调整能力因人而异，所以焦深也会出现因人而异的情况。现在常用的是与试验结果比较一致的Berek公式。

焦深公式
肉眼观察(Berek公式)
±D.O.F.=ω×250,000/(N.A.xM)+λ[2(N.A.)²](μm)
D.O.F.:焦深
ω:肉眼分辨率0.0014(当光学角度为0.5°时)

M：总倍率(物镜倍率x目镜倍率)

 ±D.O.F.=350/(N.A.xM)+0.275/2(N.A.)²(λ=0.55μm)
这表明数值孔径越大，焦深越小。
例
 MPLFLN为100倍（N.A.=0.90）时，WHN为10倍时
 ±D.O.F.=350/(0.90x1,000)+0.275/0.81=0.39+0.35
  =0.73μm

视频摄像机

视频摄像机因CDD(电荷耦合电器)的像素数，光学倍率和数值孔径不同，焦深各异。上述公式仅为粗略指南。