根据生物安全防护水平的差异，生物安全柜可分为一级、二级和三级三种类型。一级可保护工作人员和环境而不保护样品。其气流原理和实验室通风橱基本相同，不同之处在于排气口安装有HEPA 过滤器，将外排气流过滤进而防止微生物气溶胶扩散造成污染。一级本身无风机，依赖外接通风管中的风机带动气流，由于不能保护柜内产品，目前已较少使用。

二级是目前应用为广泛的柜型。按照《中华人民共和国医药行业标准YY0569-2005生物安全柜》中的规定，二级依照入口气流风速、排气方式和循环方式可分为4 个级别：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型。所有的二级都可提供工作人员、环境和产品的保护。

A1 型安全柜前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.38m/s。无内部循环气流，*的气体通过排气口过滤排出。

A2 型安全柜前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s。70%气体通过HEPA 过滤器再循环至工作区，30%的气体通过排气口过滤排出。

二级B型均为连接排气系统的安全柜。连接安全柜排气导管的风机连接紧急供应电源，目的在断电下仍可保持安全柜负压，以免危险气体泄漏如实验室。其前窗气流速度小量或测量平均值应至少为0.5m/s(100fpm)。

B1 型70%气体通过排气口HEPA 过滤器排除，30%的气体通过供气口HEPA 过滤器再循环至工作区。

B2 型为*全排型安全柜，无内部循环气流，可同时提供生物性和化学性的安全控制，可以操作挥发性化学品和挥发性核放射物作为添加剂的微生物实验。

三级是为生物安全防护等级为4级实验室而设计的，柜体*气密，工作人员通过连接在柜体的手套进行操作，俗称手套箱(Golve box)，试验品通过双门的传递。