医院污水要比一般生活污水排放情况复杂，原因在于同一所医院各隶属部门的功能、设施和人员等组成情况不同，所产生的污水组成成分及水量各不相同；再之，不同性质的医院产生的污水也是大有不同。医院污水来源及成分复杂，具有传染性，若不经处理或处理不当，会严重威胁到人们的健康。
医院污水处理原则：
全过程控制原则。
       对医院污水产生、处理、排放的全过程进行控制。

减量化原则。

       严格医院内部卫生安全管理体系，在污水和污物发生源处进行严格控制和分离，医院内生活污水与病区污水分别收集，即源头控制、清污分流。严禁将医院的污水和污物随意弃置排入下水道。 

就地处理原则。
       为防止医院污水输送过程中的污染与危害，在医院必须就地处理。 
分类指导原则。

       根据医院性质、规模、污水排放去向和地区差异对医院污水处理进行分类指导。

达标与风险控制相结合原则。

       全面考虑综合性医院和传染病医院污水达标排放的基本要求，同时加强风险控制意识，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性事件的能力。
生态安全原则。
       有效去除污水中有毒有害物质，减少处理过程中消毒副产物产生和控制出水中过高余氯，保护生态环境安全。
       目前执行的《污水综合排放标准》（GB18466-2005），将医院污水按其受纳水体不同的使用功能等规定了相应的粪大肠杆菌群数和余氯标准，对COD、SS等理化指标无特别要求，只需达到要求相对较低的其他排污单位标准，且只给出余氯下限而无上限。

       根据现行标准，现有医院污水处理工艺级别低，主要存在：

(1) 悬浮物浓度高，影响消毒效果；

(2)水质波动大，消毒剂投加量难以控制；

(3) 消毒副产物产生量大，影响生态环境的安全；

(4）余氯标准无上限，过多余氯危害生态安全等问题。