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发酵工程，又称微生物工程。利用微生物的发酵作用，结合现代工程技术，或直接利用微生物反应器，进行大规模发酵生产。发酵产物既可以是微生物本身（单细胞蛋白），也可以是发酵过程的代谢物。

现代发酵工程不同于传统的发酵工艺操作，它具有以下优点：可以进行连续发酵和半连续发酵；具有计算机控制实现高度自动化；利用基因重组工程菌生产；可在45度左右加压生产。

一般来说，有工业用途的有机物的生产可以通过合成或发酵。生产哪种方法取决于它的经济效益。发酵生产，其原料多采用糖和淀粉；而化学合成，其原料主要是石油及其衍生物。也就是说，应考虑到原材料的成本，以及转换和回收成本。只要发酵方法高于化学合成收率，成本较低，则应采用发酵法从发酵设备中提取化学原料。发酵工程比传统发酵技术更*。无论是做面包，奶酪，还是做葡萄酒，都有一个——发酵过程。